Ab 1990 wurde diese Arbeit der Aufarbeitungsinitiativen meistens über die Etats der Landesbeauftragten für das Stasi-Unterlagen-Gesetz abgedeckt, in Einzelfällen auch über Projektmitteln des Bundesbeauftragten für die Unterlagen der Staatssicherheit. Bis 1998 war es den Aufarbeitungsinitiativen allerdings nicht gelungen, einen in der deutschen Öffentlichkeit wahrnehmbaren Arbeitszusammenhang herzustellen. Es fehlte schlicht weg an einer organisierten Lobby. Die Archive standen in der Gefahr, den allgemeinen Kürzungen der öffentlichen Haushalte zum Opfer zu fallen.
Glücklicherweise tagte im Jahr 1998 die Enquete- Kommission des Bundestages zur Aufarbeitung der SED-Diktatur und befasste sich mit der Situation der Aufarbeitungsinitiativen bzw. der freien Archive. In der Außenwahrnehmung wurden diese Institutionen fast ausschließlich als Archive des politischen Samisdat der DDR wahrgenommen. Und so war es kaum verwunderlich, dass es eine starke Fraktion aus Politikern und Wissenschaftlern gab, die die Archivalien den Staatlichen Archiven übergeben wollte. Die Notwendigkeit und Sinnhaftigkeit einer finanziellen Unterstützung der freien Initiativen wurde bestritten, und gegenüber dem leistungsfähigen und hoch bezuschussten staatlichen Archivwesen galten die freien Einrichtungen als rückständig. Für den Umgang mit nationalem Kulturgut, so diese Fraktion, fehle es den Trägern schlicht an der fachlichen Qualifikation.
Während der Anhörung zum Thema konnte aber verdeutlicht werden, dass erstens das Arbeitsspektrum der Einrichtungen viel breiter und umfassender ist als das eines reinen Archives und dass zweitens in den zurückliegenden Jahren bereits nennenswerte Beiträge für die gesellschaftliche Aufarbeitung der kommunistischen Diktatur in Deutschland geleistet wurden. Des weiteren begriff die Kommission, dass es sich bei den Archivalien um besondere, nicht mit dem klassischen Archivgut zu vergleichende Materialien handelt. Der Samisdat ist zum überwiegenden Teil in halb- bzw. konspirativen Zusammenhängen entstanden. Um diese Archivalien der Öffentlichkeit zur Verfügung zu stellen, brauchte es zum Beispiel der Fähigkeit zur Dekonspiration. Die Aufarbeitungsinitiativen machten vor der Enquete-Kommission aber auch deutlich, dass eine fachliche Begleitung durch das staatliche Archivwesen gewünscht sei.
Eines der wichtigsten Resultate der Enquete- Kommission des Bundestages war der Bundestagsbeschluss zur Verabschiedung des Gesetzes für die Errichtung einer Stiftung zur Aufarbeitung der SED-Diktatur. Den Argumenten der Initiativen wurde der Gesetzestext in sofern gerecht, dass die Arbeit der Aufarbeitungsinitiativen explizit als Förderschwerpunkt in Form von Projektförderung aufgenommen wurde. Damit erschloss sich die Möglichkeit, den Archiven eine Förderung in Form einer Grundsicherung in den jeweiligen Bundesländern angedeihen zu lassen. Für die drei sächsischen Aufarbeitungsinitiativen ist es ab dem Haushaltjahr 2003 gelungen, dass das Sächsische Ministerium für Wissenschaft und Kunst eine Grundsicherung über das Konstrukt der Sächsischen Stiftung Gedenkstätten finanziert. Außerdem haben die Aufarbeitungs-Initiativen seit letztem Jahr, mit der Verabschiedung des sächsischen Gedenkstättengesetzes, Sitz und Stimme sowohl im Stiftungsrat als auch im Stiftungsbeirat.
Über diese Finanzierungsmöglichkeiten hinaus gibt es die Projektfinanzierungsmöglichkeiten bei den Politischen Stiftungen der Parteien, die staatlichen Fördermöglichkeiten für Politische Bildung oder regionale Förderinstrumenten. Und trotzdem bleibt das Geld knapp. Eine dauerhaft ausreichende finanzielle Versorgung ist nicht gesichert, in jedem Jahr muss auf neue um die Ressourcen gekämpft werden, denn die Arbeitsbereiche der Aufarbeitungsinitiativen gehören nicht zu denen, die gesellschaftlich hoch im Kurs stehen.
1998 begannen die unabhängigen Archive mit Mitteln der Bundesstiftung, ihre vorhandenen Bestände für die öffentliche Zugänglichkeit zu erschließen. Es wurde ein umfängliches Findbuch angelegt und unter fachlicher Begleitung des Archivs der Bundesstiftung wurden die Bestände digitalisiert. In weiteren Projekten folgte die Digitalisierung der und Ton- und Filmdokumente und die Anlage eines Fotoarchivs.
Ab 2001 begann die Arbeit am Projekt Internetedition für den Teil des politischen DDR-Samisdats, der als Periodika erschien oder als Periodika angelegt war. Dazu finanzierte uns die Bundesstiftung eine Bestandsaufnahme. Für die Erreichung des Projektziels einer Internetedition wurde im Jahre 2003 einen DFG-Antrag gestellt. In Zusammenhang mit diesem Antrag schlossen sich die im folgenden aufgelisteten Aufarbeitungsinitiativen als Kooperationspartner zusammen: